C'est quelque chose qui m'arrive également souvent en fait. Alors oui, comment faire ?
Tout dépend du passage en question et des difficultés rencontrées. La démarche consiste toujours à isoler les difficultés (encore faut-il les arriver à les identifier), les travailler séparément avant de combiner le tout. On peut avoir l'impression que chaque main s'en sort "à peu près" bien, mais même si cet "à peu près" permet de commencer à explorer le travail ME, on ne pourra pas espérer améliorer le rendu en travaillant uniquement ME à partir de là, sans continuer à "blinder" chaque main.
Voici un exemple de passage sur lequel je bute actuellement, et qui, à l'écoute, peut n'avoir l'air de rien (on n'imagine pas le travail à fournir en tout cas) :
(chacun peut essayer de déchiffrer)

La mesure est divisée à 4 temps à la MD et à 3 temps à la MG. On a une succession d'accords à la MD et une formule arpégée qui se répète la MG.
- travail de MG : il faut trouver un doigté et un geste approprié, mais ensuite ça se travaille aisément. Je décompose en 2 PS et travaille également les déplacements (aller/retours).
- travail de la MD : on veut faire ressortir les extrémités des accords, en particulier la voix supérieure --> cela s'obtient avec une "définition différentielle" du bout des doigts (i.e. plus de définition/d'activité dans le bout du 5e). On peut travailler sans les notes du milieu pour bien écouter la "mélodie".
Pour autant, il est souhaitable d'avoir toutes les notes de chaque l'accord bien audibles et simultanées (i.e. attaques ET terminaisons simultanées) : effet "croustillant"/cristallin des accords. --> on travaille chaque accord individuellement. Il y a un geste à trouver pour "prendre l'accord" en gardant inactifs les muscles qui doivent rester détendus, et pouvoir s'envoler tout de suite après vers le prochain accord.
En outre, il faut travailler toutes les combinaisons de 2 accords successifs (déplacement risqués).
Où sont les appuis ? Je les sens sur les 1ers temps de chaque mesure. On a à chaque fois un ensemble de 4 accords suivi des mêmes mais une octave en-dessous. --> on travaille (et essaie de penser) par groupes de 4 également.
- coordination MD/MG : moins difficile qu'il n'y paraît. Etudier l'organisation MD/MG permet de s'y retrouver (où est-ce que ça tombe en même temps ?). De plus, il s'agit d'écouter attentivement à la fois la régularité de la cascade d'accords et la régularité du retour de la basse MG. La MD est très difficile donc c'est surtout elle qui ralentit...
Voilà décrit succintement comment je travaille ce passage. On procède par étapes et tout ça prend du temps (on n'obtient pas tout en 1 jour!), mais tout en faisant des explorations/tentatives au tempo et ME, ce qui permet de sentir aussi vers quoi tendre.